La primera desde 1424 a 1518 y corresponde a Rodrigo de Gibaja. La segunda etapa desde 1525 corresponde a Diego de Riaño y Hernán Ruiz.
El retablo mayor es obra plateresca de Juan Bautista Vázquez (el viejo) y Nufro de Ortega.
En las distintas capilla de esta iglesia encontramos obras de distintos maestros artesanos, como los pitores Alejo Fernández, Pedro de Campana, Juan del Castillo y José de Arpa. Entre los maestros escultores encontramos las obras de Lorenzo de Mercadante de Bretaña, Roque Balduque, Tomás Guisado y Duque Cornejo.
Sin duda entre las piezas anónimas es destacable la imagen de la Virgen de Gracia, Patrona de la Ciudad, fechada hacia 1300.
En el patio de los naranjos, antiguo patio de las abluciones de la mezquita, se conserva un calendario visigodo del siglo VI.
